Международен университетски център (семинар) за балканистични проучвания и специализации

Ръководител: Доц. д-р Елена Тачева
Създаден с решение на АС през 1990 г.

Solar energy centre, faculty of mаthematics and natural sciences, SWU-Blagoevgrad

Отговорник за EPSILON project: доц. д-р инж. Митко Стоев
Създаден По EPSILON, ЕС  проект м/у ПМФ, ЮЗУ и БАН, 1998 г.

Университетски център за изследване на заекването

Директор на центъра: доц. д-р Добринка Георгиева
Създаден с решение на АС през 2000 г.

Научно-изследователски център по психично здраве

Директор на центъра: Проф. д-р Миладин Апостолов
Създаден с решение на АС през 2002 г.

Мултимедиен център по компютърна архивистика, дигитални архиви и история на местното самоуправление

Ръководител: доц. Марияна Пискова, доц. Кристина Попова;
Създаден с решение на АС през  2003 г.

Център за междукултурни социални и образователни взаимодействия (ЦМСОВ)

Ръководител: доц. Д-р Анастасия Пашова
Решение на АС № 84 от 24.02.2003 г.

Университетски ресурсен център за франкофонски изследвания (УРЦФИ)

Директор на центъра: Проф. Явор Конов, доктор на науките
Създаден с решение на АС през 2007 г.

Център за кариерно развитие

Ръководител: проф. д.п.н. Йордан Колев

Център за продължаващо обучение към Факултета по педагогика

Създаден с решение на АС, пр.. № 16 от 1.07. 2009 г.
Директор на центъра: доц. д-р Ангелина Манова
Зам. директор: Гл.ас. д-р Мая Сотирова

Център по биопсихофизически явления

Ръководител - проф. Антон Антонов

Център за изследвания и квалификация при Стопанския факултет

Ръководител - доц. д-р Георги П. Георгиев

Център за функционални изследвания в спорта и кинезитерапията

Създадена с решение на ФС, 2009 г
Ръководител: доц. д-р Невена Пенчева

Университетски научно-изследователски център за древни европейски и източносредиземноморски култури

Ръководител: Доц. д-р Васил Марков

Европейски документационен център към Правно-исторически факултет

Ръководител: Д-р Николай Марин

Център за немски идеализъм към Философския факултет на ЮЗУ "Неофит Рилски" - Благоевград

Ръководител: проф. дфн Валентин Канавров