Югозападният университет "Неофит Рилски"- Благоевград е акредитиран институционално от
Националната агенция за оценяване и акредитация към Министерския съвет на Република България
на 09.03.2006 г. за срок от 6 години, оценка ,,много добра".

С решение на Акредитационният съвет от 09.03.2006 година, Националната агенция за оценяване и акредитация измени капацитета на Югозападният университет "Неофит Рилски" - Благоевград от 12 000 студенти и докторанти на 15 600 студенти и докторанти.

През 2009 година Югозападният университет "Неофит Рилски" успешно приключи процедура за следакредитационен контрол и наблюдение от Националната агенция за оценяване и акредитация.

На заседание от 09.07.2009 година /протокол № 22/, Акредитационният съвет на НАОА констатира, че:

1. Югозападният университет "Неофит Рилски" осъществява необходимите дейности по изпълнение на препоръките на Акредитационния съвет след институционалната акредитация с оценка "много добра",

2. Създадена е добра организация за повишаване на качеството на образователния процес чрез прилагането на вътрешната система за оценяване и поддържане на качеството на обучение и на академичния състав.